La rivière Fouquette est une petite rivière qui coule dans la MRC de Kamouraska, dans les municipalités de Saint-Alexandre-de-Kamouraska, Saint-André, Sainte-Hélène et Saint-Joseph-de-Kamouraska. L'activité économique du territoire est surtout concentrée autour de l'agriculture et l'agroalimentaire, qui se retrouve principalement dans la municipalité de Saint-Alexandre. Au milieu des années 90, la qualité de l'eau présentait des concentrations de phosphore plus de 20 fois supérieures au critère de protection de la vie aquatique. L'azote (nitrite-nitrate et azote ammoniacal) dépassait aussi régulièrement les seuils de protection.

L'action concertée des différents intervenants et acteurs du milieu a rapidement mené à des interventions qui ont eu pour effet d'améliorer ce sombre portrait. La réfection des installations de traitement des eaux usées municipales, le traitement des effluents industriels, la gestion de la fertilisation et le retrait des animaux des cours d'eau font partie des actions qui ont contribué à améliorer la situation. En 2007 et 2008, les concentrations de phosphore à l'embouchure de la rivière Fouquette présentaient des valeurs médianes inférieures au seuil de protection de la vie aquatique (< 0,03 mg/L). Il y a cependant encore place à l'amélioration puisque des dépassements se produisent encore à l'occasion durant l'année. Les projets en cours visent à réduire les risques de pollution diffuse agricole. La restauration de l'omble de fontaine, disparu du bassin versant en raison de la détérioration de la qualité de l'eau et de l'habitat, fait aussi partie des projets auxquels s'attardera le Comité de bassin de la rivière Fouquette au cours des prochaines années.